如何利用GST標(biāo)簽蛋白純化蛋白(下)
如何在質(zhì)粒中添加/克隆GST標(biāo)簽
將GST標(biāo)簽添加到目標(biāo)蛋白的優(yōu)先方法是使用pGEX系列載體,它們有不同的蛋白質(zhì)裂解位點(diǎn),而這對于后續(xù)提到的去除GST標(biāo)記方法尤其重要。圖4描述了我們推薦克隆方法的過程和步驟。
(1)pGEX載體都有一個包含多個限制性酶切位點(diǎn)的多克隆位點(diǎn)(MSC),這些位點(diǎn)因pGEX載體而異。如表2所述。此外,所有的pGEX載體均含有三個終止密碼子,覆蓋了MSC之后DNA菌株上所有的三個可能的閱讀框,以確保所表達(dá)的蛋白質(zhì)本身并不包含終止密碼子。
圖4:在目標(biāo)蛋白質(zhì)上添加GST標(biāo)簽的克隆過程概述
(2)下一步是得到一個目的基因/蛋白質(zhì)的PCR產(chǎn)物,該產(chǎn)物在兩個方向上均帶有所選pGEX載體MCS中存在的限制性酶切位點(diǎn)。這些引物應(yīng)滿足以下條件:
1. 3-4 nts的懸臂(越長越有利于限制性酶切反應(yīng),建議3-4個)
2. 限制性位點(diǎn)
3. 20-25 nts的目標(biāo)基因
以在eGFP上添加一個GST標(biāo)簽為例:
圖例 – 上游引物懸臂
限制性位點(diǎn) -> 以BamHI為例
eGFP的前20 nts5'-GGG GGATCC ATGAAACATCACCATCACCA-3'
圖例 –下游引物懸臂
限制性位點(diǎn) -> 以EcoRI為例,反向互補(bǔ)
eGFP的最后20 nts,反向互補(bǔ)
5'-GGG GGATTC TTTGTATAGTTCATCCATGC-3'
注意本文僅是介紹如何將GST標(biāo)簽添加目的蛋白質(zhì)上,其他方法如酵母或細(xì)菌的同源重組也可完成。
表2: 不同的pGEX載體和其MCS內(nèi)的限制性酶切位點(diǎn)從5'到3'端排序
pGEX 載體 | 限制性酶切位點(diǎn)從5'到3'端排序 |
pGEX-1λT | BamHI , EcoRI |
pGEX-2T | BamHI, SmaI, EcoRI |
pGEX-2TK | BamHI, SmaI, EcoRI |
pGEX-4T-1 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-4T-2 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-4T-3 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-3X | BamHI, SmaI, EcoRI, |
pGEX-5X-1 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-5X-2 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-5X-3 | BamHI, EcoRI, SmaI, SalI, XhoI, NotI |
pGEX-6P-1 | BamHI, EcoRI, SmaI SalI, XhoI, NotI |
pGEX-6P-2 | BamHI, EcoRI, SmaI SalI, XhoI, NotI |
pGEX-6P-3 | BamHI, EcoRI, SmaI SalI, XhoI, NotI |
GST標(biāo)簽蛋白的純化是如何進(jìn)行的?
GST標(biāo)簽蛋白純化是一種親和層析法,它利用GST對還原谷胱甘肽(其天然底物)的高親和力,依據(jù)所優(yōu)選的純化方法將谷胱甘肽與瓊脂糖凝膠或磁珠結(jié)合而達(dá)到純化的目的。如圖5為GST-標(biāo)簽親和微球的示意圖。不同供應(yīng)商的GST標(biāo)簽親和產(chǎn)品的實際純化方案是不同的,包括僅針對其自身特定的GST親和力珠進(jìn)行優(yōu)化的不同緩沖液成分間的差異。因此,建議不要將一個供應(yīng)商的GST標(biāo)簽蛋白純化方案應(yīng)用于其他供應(yīng)商產(chǎn)品。
圖5:GST-標(biāo)簽親和微球的示意圖。通過微球表面的柔性間隔物將谷胱甘肽三肽與微球相結(jié)合,也可用于與GST標(biāo)簽蛋白的結(jié)合。
GST標(biāo)記的蛋白質(zhì)純化方案
圖6介紹了用GST親和磁珠進(jìn)行蛋白質(zhì)純化的過程,但這些核心步驟僅基于使用GST-標(biāo)簽親和磁珠進(jìn)行純化。
步驟1:加入細(xì)胞裂解液后細(xì)胞裂解,細(xì)胞的整個蛋白質(zhì)組懸浮在裂解緩沖液內(nèi),但帶有GST標(biāo)簽的蛋白未與其它蛋白質(zhì)分離。
步驟2:在細(xì)胞裂解液中加入GST親和標(biāo)簽的磁珠,加入的磁珠量應(yīng)多于細(xì)胞裂解液中帶GST標(biāo)簽?zāi)繕?biāo)蛋白的數(shù)量。
步驟3:旋轉(zhuǎn)管/燒瓶幾個小時,使谷胱甘肽磁珠與細(xì)胞裂解液內(nèi)的所有GST標(biāo)簽蛋白充分結(jié)合。
步驟4:由于GST標(biāo)簽蛋白與谷胱甘肽磁珠的結(jié)合特異性,所以僅帶有GST標(biāo)簽的目標(biāo)蛋白會與磁珠結(jié)合,而不會與其它蛋白質(zhì)結(jié)合。
步驟5:對細(xì)胞裂解液施加磁力,使GST標(biāo)簽蛋白與谷胱甘肽珠結(jié)合,而不會含有其它蛋白質(zhì)。
步驟6:去除未結(jié)合的細(xì)胞裂解液/蛋白質(zhì)上清, 帶有GST標(biāo)簽的目標(biāo)蛋白現(xiàn)已被純化。
圖6:使用磁珠純化帶有GST標(biāo)簽的目標(biāo)蛋白的示例性工作流程概述。
為了驗證帶有GST標(biāo)簽的目標(biāo)蛋白是否純化成功,建議利用Western Blot(蛋白質(zhì)印跡法)通過抗GST抗體檢測純化蛋白。蛋白質(zhì)印跡法示例可在此查看。
如何去除GST標(biāo)簽?
GST標(biāo)簽有26千道爾頓(kDa),是目前最大的親和標(biāo)簽之一。作為一個完整的蛋白質(zhì),它甚至?xí)笥谒Y(jié)合的一些蛋白質(zhì),因此,科研者就會擔(dān)憂,這種大小的蛋白質(zhì)人工連接在另一個蛋白質(zhì)上是否會干擾蛋白質(zhì)的功能性。所以是否有可能在蛋白質(zhì)純化后去除GST標(biāo)簽,以確保它不會以任何方式阻礙純化了的蛋白質(zhì)后續(xù)研究。pGEX載體系列的創(chuàng)建者已經(jīng)考慮到了這個問題,所以在表2中也已經(jīng)提到。按照“如何在質(zhì)粒中添加/克隆GST標(biāo)簽 ”一章中描述的方式創(chuàng)建GST標(biāo)簽融合蛋白后可以選擇在其后去除此GST標(biāo)簽。在質(zhì)粒的MCS的5'端添加一個特定的蛋白裂解位點(diǎn),即使在純化后,N-末端的GST-標(biāo)記也可以被裂解,這也可以作為純化過程中的一種洗脫方法,而不僅僅是在瓊脂糖樹脂和磁珠純化方案中提到的洗脫緩沖液。由于這種方法可能會有小概率使目標(biāo)蛋白質(zhì)包含對應(yīng)的蛋白酶切位點(diǎn),所以在pGEX載體中有三種不同的蛋白裂解位點(diǎn)可供選擇。
表3:不同的pGEX載體及其包括的蛋白酶裂解位點(diǎn)。
pGEX載體 | MCS的5'端的蛋白酶切位點(diǎn) |
pGEX-1λT; pGEX-2T; pGEX-2TK; pGEX-4T-1; pGEX-4T-2; pGEX-4T-3 | Thrombin |
pGEX-3X; pGEX-5X-1; pGEX-5X-2; pGEX-5X-3 | Factor Xa |
pGEX-6P-1; pGEX-6P-2; pGEX-6P-3 | PreScission Protease |
GST標(biāo)簽去除方案(示例)
注意:該方案描述了如何使用凝血酶裂解位點(diǎn)從自由洗脫的GST融合蛋白上裂解GST標(biāo)簽。
表4:凝血酶裂解所需的試劑
試劑 | 劑量 |
Thrombin | 取決于供應(yīng)商:通常3-10U(單位)的凝血酶(Thrombin )可以在室溫過夜條件下裂解1mg融合蛋白。詳情請參見供應(yīng)商說明書 |
1 X PBS buffer | 140mM NaCl; 2.7mM KCl; 10mM Na2HPO4; 1.8mM KH2PO4; pH 7.3 |
PMSF | 準(zhǔn)備至少1mM適用于您的蛋白上清濃度 |
AEBSF | 也可以使用PMFS;準(zhǔn)備至少1mM適用于您的蛋白上清濃度 |
步驟(常規(guī)情況)
1. 在洗脫液或純化柱中加入10個凝血酶裂解單位~10μl每毫克的GST融合蛋白
2. 輕輕混勻,將混合物在室溫(22℃)下孵育2-16小時。
3. 孵育后,加入1mM的PMSF或ABESF終止反應(yīng)。
4. 通過SDS檢查結(jié)果。
5. 通過SDS色譜法直接分離裂解產(chǎn)物(如:排組層析法)。
如果已經(jīng)找到了理想的裂解條件,則可以用線性的方式擴(kuò)增程序。
提示:可培養(yǎng)足量的GST標(biāo)簽蛋白,并可在SDS-Page凝膠上觀察到0.01至0.06單位和不同孵育時間(例如2h,4h,6h等)的凝血酶。按所述方法停止反應(yīng),并將試劑分裝,放置在-20℃保存。
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